Sejarah Desa Mriyunan tidak terlepas dari sejarah Masyarakat Kabupaten Gresik. Konon Desa Mriyunan adalah tempat Istana Kadipaten Sidayu dan meninggalkan bukti-bukti sejarah kebesaran sebagai bekas sebuah Kadipaten, berbagai peninggalan masih membekas sebagai ikon sebuah kadipaten di Zaman Penjajahan Belanda.

Bangunan bekas Istana Kadipaten tersebut termasuk sebuah situs yang kini seperti onggokan bangunan tidak bermakna, diperkirakan situs itu berusia satu abad. Situs tersebut dibangun menjelang perpindahan Kadipaten Sedayu ke wilayah Kadipaten Jombang oleh penjajah Belanda pada sekitar 1910. Sejak berdiri pada 1675, Kadipaten Sedayu dipimpin oleh sedikitnya sepuluh adipati. Adipati yang paling dikenal adalah Kanjeng Sepuh Sedayu.

Desa Mriyunan sendiri kalau menurut cerita orang-orang terdahulu berasal dari kata-kata ”MILLIYUNAN” yang berarti tempat orang-orang kaya, seperti para pejabat dan saudagar, namun lambat laun nama tersebut berubah menjadi ”MRIYUNAN”

Secara defakto, sampai saat ini Desa Mriyunan adalah jantung Kota Sidayu yang berada ditengah-tengah Kecamatan Sidayu, tempatnya yang strategis menjadikan Desa Mriyunan sebagai pusat perkantoran dan pusat perekonomian masyarakat kecamatan Sidayu, seperti : Kantor Polisi, Koramil, Kantor UPT Pendidikan, Pasar,  Alun-alun terluas se Kabupaten Gresik, dll

Namun, ironisnya sarana dan prasarana yang ada di Desa Mriyunan masih banyak yang kurang layak, seperti Jalan lingkungan, Jalan Poros Desa, Saluran Air, Gapuro dll, masih perlu mendapatkan perhatian yang serius dan khusus dari pemerintah Kabupaten dan sangat dipandang perlu mendapatkan prioritas pembangunan Sarana dan Prasarana tersebut.